Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias

Abstract

La colección de germoplasma de níspero del IVIA cuenta con 120 variedades, de las cuales 20 proceden de mutaciones identificadas de la variedad Algerie y el resto de diversos países donde el cultivo es importante, sobre todo de China, país de origen de la especie. La caracterización detallada de cualquier colección de germoplasma es un requisito fundamental para poder aprovechar al máximo estos recursos. En este trabajo presentamos el genotipado mediante secuenciación de 76 accesiones de la colección para estudiar su diversidad a escala genómica. Tras realizar un experimento piloto empleando 2 enzimas de restricción (ApeKI y PstI) para comprobar su idoneidad en el caso de níspero, se eligió ApeKI para la construcción de la librería y secuenciación del resto de muestras. Se obtuvo un promedio de 3 millones de lecturas por muestra de las que mapearon frente al genoma de referencia un 83,66%. En la búsqueda de variantes frente al genoma de referencia se identificaron entre 58.153 y 140.162 posiciones variables por muestra, con una media de 105.911. En total se identificaron 290.279 posiciones variables en las 76 muestras, distribuidas en los 17 cromosomas. Tras un filtrado exhaustivo, seleccionamos cerca de 9.000 marcadores de tipo SNPs e INDELs con los que evaluamos la diversidad y las relaciones entre las accesiones. Los resultados obtenidos abren la puerta al uso de marcadores para identificación varietal. Además, nos permitirán, mediante la combinación con datos morfológicos y pomológicos, realizar mapeo por asociación para la identificación de regiones del genoma involucradas en el control de caracteres de interés para la mejora de esta especie.